如果公司超過了小規模納稅人的認定標準，含稅年銷售額超過了500萬元，然后有沒有在規定的時間內去申請一般納稅人的資格認定，公司企業將如何計稅，會遭受怎么樣的損失？
第一、如果超過小規模納稅人認定標準逾期未進行一般納稅人資格認定，那么企業增值稅按照16%的征收率計算，而且不得抵扣進項稅額。也就是說超過標準之后不去進行一般納稅人資格認定，那么計稅仍然按照一般納稅人的增值稅征收稅率計算。而且不能抵扣進項稅額，企業損失巨大，打比方說你公司年銷售額1000萬，成本800萬，沒認定，那么要繳納的增值稅就是160萬，如果認定了那么只需要繳納32萬。實在損失巨大。
第二、相關的政策規定參考：《增值稅一般納稅人登記管理辦法》規定，年應稅銷售額超過小規模納稅人標準，且未在法定時限內申請一般納稅人資格認定，辦理增值稅一般納稅人登記或向主管稅務機關報送《選擇按小規模納稅人納稅的情況說明》；逾期未報送的，將按銷售額依照增值稅稅率計算應納稅額，不得抵扣進項稅額。
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第一、如果超過小規模納稅人認定標準逾期未進行一般納稅人資格認定，那么企業增值稅按照16%的征收率計算，而且不得抵扣進項稅額。也就是說超過標準之后不去進行一般納稅人資格認定，那么計稅仍然按照一般納稅人的增值稅征收稅率計算。而且不能抵扣進項稅額，企業損失巨大，打比方說你公司年銷售額1000萬，成本800萬，沒認定，那么要繳納的增值稅就是160萬，如果認定了那么只需要繳納32萬。實在損失巨大。
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